En la extrema izquierda, el viejo dominico que levanta los ojos al cielo, representa probablemente a Fray Angélico; y San Gregorio que contempla la Hostia tiene los rasgos de Julio II; mientras, a la derecha, es fácil reconocer, erguido y solemne, al papa Sixto IV, tío de Julio II; luego, detrás de él, Dante con la corona de laurel, y casi cubierto por la capucha negra, Savonarola, condenado a la hoguera en Florencia unos años antes y que el franciscano Julio II Della Rovere quiso que fuese colocado entre los santos, por menosprecio al papa Alejandro VI su predecesor, que había deseado su muerte.
Además de Dante, Tomás de Aquino (identificado por una inscripción sobre la aureola) y el cardenal Bonaventura (según la inscripción sobre la aureola), al cual el papa Sixto IV, tío de Julio II, había canonizado recientemente (1481), sólo se puede reconocer, por los rasgos del rostro, al papa Della Rovere, que se halla, de pie, en un escalón inferior, detrás de Bonaventura. El personaje situado a los pies de Jerónimo, el traductor de la Biblia, podría ser identificado con Nicolò da Lira, el exegeta franciscano.
Varios personajes aquí representados aparecen asimismo en La Escuela de Atenas: El joven del primer término, a la izquierda, se suele identificar con Francesco María della Rovere amante, al parecer, del propio Rafael que vuelve a aparecer en la Escuela como un personaje ambiguo frecuentemente identificado con Hypatia de Alejandría. Leonardo da Vinci prestaría su rostro para el rey David en este fresco y para el filósofo Platón en el de enfrente. Bramante también está retratado en ambos frescos; junto a Francesco della Rovere en la Disputa y como Euclides, agachado, en el fresco de los filósofos.
Aunque Vasari quiso reconocer en el fresco a otros personajes como al teólogo franciscano Duns Scoto, a Santo Domingo…, ninguno de estos nombres se puede asignar con seguridad a una figura concreta de la pintura de Rafael. Desde la época de Bellori (1615) hasta nuestros días, los eruditos se han esforzado en vano en encontrar nuevas identificaciones. Por eso, sobre el tema en sí de la pintura, no se sabe mucho más de lo que podía saber Vasari.
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