Vasari describe el fresco de Rafael como una “storia”, una historia pintada en imágenes: [Rafael] hizo en otra pared un cielo, con Cristo y nuestra Señora, San Juan Bautista, los Apóstoles y los Evangelistas y Mártires sobre las nubes, con Dios Padre que sobre todos manda el Espíritu Santo y sobre todo sobre un número infinito de santos que asisten a la misa y encima de la hostia que está en el altar discuten…
Hasta el día de hoy, el fresco de la Disputa ha conservado su nombre por el verbo “disputano” del texto de Vasari. Este utiliza el mismo verbo para la disputa del fresco de la Escuela de Atenas (situado enfrente): (Rafael) empezó en la Estancia de la Signatura una historia de cuando los teólogos hacen coincidir la filosofía y la astrología con la teología, en la que están retratados todos los sabios del mundo que discuten de varias maneras). Según Vasari, el tema de ambos frescos es la disputa entre teólogos y filósofos. En relación con la Disputa, Vasari describe, en primer lugar, el “cielo pintado” por Rafael. En cuanto a la Escuela de Atenas, no concede demasiada importancia al hecho de que la acción se desarrolle en una gran escalinata situada delante de un aula abovedada. En cambio, informa que Bramante había ayudado a Rafael a dibujar la perspectiva de este edificio.
El aula de la Escuela de Atenas, abierta por todos los lados, se apoya sólo sobre parastas y culmina en una cúpula que escapa a la visión del espectador. Delante de los dos trozos de pared que se yerguen a ambos lados del primer plano, se hallan, dentro de dos hornacinas, las estatuas de los dioses Apolo y Minerva.
A estos ídolos pétreos de La Escuela de Atenas correspondían, en la primera fase del proyecto de la Disputa, dos figuras que avanzaban sobre las nubes, a su vez situadas a la altura de los pedestales de las columnas. En esta pintura los elementos arquitectónicos portantes eran columnas. En analogía con la estatua de Minerva, Rafael había planeado enfrente, en la parte lateral de la Disputa, una figura femenina que señalaba el escudo papal. Dos angelotes, como si de albañiles se tratara, sostenían este escudo a la altura de los capiteles de las columnas. De este modo, se habría contrapuesto a la marmórea Minerva pintada en su nicho, una ingrávida figura de mujer, que habría aparecido como enmarcada por un tabernáculo de columnas. En nuestra reconstrucción del modelo originario para la Disputa, sin embargo, la correspondiente figura masculina, situada detrás de la columna, en la extrema derecha del fresco, no se puede documentar en ningún dibujo de Rafael. No obstante, esta figura podría corresponder al barbudo teólogo, ataviado de azul y amarillo que, en el fresco definitivo, se halla a la derecha, al nivel del suelo. Esta suposición se basa en el hecho de que, para la versión final del fresco, Rafael también modificó la figura femenina de la izquierda. En la pintura definitiva, la mujer ha sido sustituida por un hombre, situado al nivel del suelo; se trata de la figura del llamado “joven angelical”.
Las pétreas estatuas pintadas en las dos paredes interiores del aula de la Escuela de Atenas corresponden a los apóstoles y evangelistas que están sentados en bancos de nubes a la altura del entablamento del pórtico, en los proyectos iniciales de la Disputa. De este modo, los ídolos de mármol y las estatuas de la Escuela de Atenas quedan contrarrestados, en la Disputa, por figuras “vivas” cuyo patrimonio espiritual traduce a imagen mediante sus etéreos asientos de nubes.
En el modelo de la Disputa, Pedro y Pablo ocupaban claramente un lugar más elevado que Platón y Aristóteles en la Escuela de Atenas (los filósofos se hallaban en el escalón superior). A pesar de esto, los primeros fueron concebidos como un reflejo de estos últimos. Es decir, entre dos príncipes apostólicos y los dos filósofos griegos más importantes, representados respectivamente en dos frescos situados en paredes opuestas, se había previsto una correspondencia exegética. La cuestión que podría plantearse es por qué Platón –calvo y con barba larga– corresponde de forma tan llamativa al tipo de Pablo, e igualmente, por qué el Aristóteles representado corresponde, con tanta evidencia, al tipo de Pedro. Está claro que Rafael, en estos frescos, tuvo que expresar visualmente paralelismos exegéticos entre filósofos y teólogos que, significativamente, no tenían nada que ver con los retratos típicos de Platón y de Aristóteles propios del siglo XV. Ambos filósofos están destacados, respecto a todos los demás sabios (“savii”) de la Escuela de Atenas, mediante un arco de triunfo de mármol; detrás de ellos, sólo es visible el azul del cielo. En el modelo de la Disputa, la aureola de Cristo, justo debajo de la cual aparecen Pedro y Pablo, podría considerarse un elemento distintivo paralelo al de la Escuela. Dirigiendo la mirada hacia la ventana superior del tambor de la cúpula de la Escuela de Atenas se pueden ver dos fustes de columna, cuyos capiteles quedan ocultos a la vista por la bóveda de cañón que se encuentra ante ellos. Sin recurrir a comparaciones exageradas, se puede considerar que estas dos únicas columnas de la Escuela de Atenas son un reflejo de las figuras de Pedro y Pablo del primer proyecto para la Disputa; o, incluso cabría preguntarse si la única ventana, abierta al cielo y subdividida por las dos columnas en tres partes de igual tamaño de la Escuela de Atenas, no será una alusión a la Santísima Trinidad, la cual, en el fresco de la Disputa, sería pintada con sus tres personas rodeadas de luz.
Hay que notar que, en el fresco de la Disputa, un rayo de luz –a modo de imaginaria perpendicular– sale de la clave del arco de la luneta para tocar exactamente el vértice del ángulo (caput anguli) del nimbo cuadrado colocado en diagonal detrás de la cabeza de Dios Padre. En la Epístola de San Pedro (II, 4–8), el Hijo de Dios es definido metafóricamente lapis vivus y lapis summus angularis o caput anguli, estas mismas denominaciones pueden aplicarse a la inusual aureola cuadrada.
Un rayo central de luz dorada une e ilumina por igual a Dios Padre, a Jesucristo, a la Paloma y al Corpus Domini, sin embargo, la fuente de luz divina se halla más allá de la superficie pictórica de la Disputa.
Hay que señalar también que, en la primera versión de la Escuela de Atenas, Rafael no había enfatizado de ningún modo la imaginaria línea vertical de la luneta. Significativamente, la línea corría, invisible, desde un punto indeterminado entre las dos figuras principales –Platón y Aristóteles– hacia los abiertos escalones. Sólo el canto del bloque añadido después al fresco coincide con este invisible eje central de la luneta. El bloque cuadrado representado en la Escuela de Atenas en el suelo y del que se resalta su forma angulosa, resulta destacado de forma semejante al nimbo cuadrado, situado detrás de la cabeza de Dios, de la Disputa.