Esta pequeña sala era la sede del Tribunal más alto, la Signatura Gratiae et lustitiae, el más importante de la Sede Apostólica y del sistema judicial del Vaticano. Estaba presidido en todas sus sesiones por el propio Pontífice.
En esta Estancia se desarrolla el programa político de la Estancia de Heliodoro; pero esta vez los acontecimientos que están ilustrados se refieren directamente a León X, quien debió ser el inspirador del programa. Los frescos describen los episodios de la vida de dos Papas homónimos de la Edad Media: León lll y León IV, pero representados con los rasgos de León X y referidos siempre a acontecimientos contemporáneos de este pontífice del siglo XVI.
Sin embargo, la función de la estancia cambió radicalmente con León X. El Tribunal de la Signatura fue trasladado a otra sede y la sala fue empleada por el nuevo papa como triclinium poenitius, es decir como comedor para recepciones con pocas personas. La última habitación en que trabajó Rafael era el comedor del Papa; las cocinas estaban situadas en la pieza adyacente, destinada aún hoy a los servicios.
Rafael aquí ya no domina a sus alumnos; estos, poco a poco, se van liberando de su influencia y desarrollan un estilo propio, bajo la dirección de Giulio Romano y Gianfrancesco Penni. La fase de la ejecución de la decoración fue confiada en gran parte a los alumnos porque Rafael había sido llamado a desempeñar otros cargos: en 1514 sucede a Bramante como arquitecto de San Pedro y al año siguiente recibe el cargo de «superintendente» de las antigüedades de Roma. Desde ese momento, los problemas arquitectónicos y de las antigüedades le absorben cada vez más su tiempo, en perjuicio de los frescos, que sólo podrá supervisar, y en los cuales su intervención directa será puramente ocasional.
La compañía de Rafael (así se llamaba a sus discípulos) comienza la decoración de la Estancia del Incendio en el verano de 1514. Lo sabemos con certeza por una carta de Rafael al tío Simone Claria, fechada 1 de julio: «… he empezado a pintar otra Estancia para Su Santidad, que valdrá mil doscientos ducados de oro…». Los trabajos terminaron en marzo de 1517 para el aniversario del nombramiento del pontífice.