El tema de la Sala de la Audiencia (conocida como la Estancia de Heliodoro) celebra las intervenciones de Dios en la historia para la tutela de la Iglesia. El programa de los frescos es adecuado para acoger a huéspedes importantes. En sus decoraciones, Dios expulsa a Heliodoro del Templo, libra a Pedro de la cárcel y detiene a Atila a las afueras de Roma. En el milagro de Bolsena, ocurrido tres siglos antes, está presente el papa, el cual es guardián del Corpus Domini. La devoción a la Cruz, la fe en la muerte y en la resurrección de Cristo, son la roca sobre la cual se apoya la Iglesia que Julio II representa y que Dios nunca abandonará. Así pues y contrariamente a la decoración de la 
Signatura, que reflejaba la filosofía del Renacimiento y su deseo de reunir la cultura clásica y el pensamiento cristiano, en esta Estancia el programa es político y se propone documentar la milagrosa protección otorgada por Dios a la Iglesia que ve amenazada la fe (Misa de Bolsena) en la persona del Pontífice (Liberación de San Pedro), en su sede (Encuentro de León Magno con Atila) y en su patrimonio (Expulsión de Heliodoro).
Estos acontecimientos no constituyen un ciclo narrativo, pero ilustran, en las cuatro épocas pasadas de la historia de la Iglesia -durante el Antiguo Testamento como prehistoria, en la historia de los Apóstoles bajo el primer papa Pedro, en la época del primer cristianismo y finalmente, en la época medieval es decir, en todos los tiempos, la providencia de Dios y su milagrosa intervención a favor de su pueblo.
Al mismo tiempo, estos frescos respaldan una vez más el derecho de la Iglesia al poder temporal y político, es decir, Julio II legitima en ellos su política de césaro-papismo y pone estos ejemplos ante los ojos de los señores, embajadores y huéspedes que recibe en esta sala en audiencias privadas. De
este modo asocia el presente político con la historia, representada como fruto de la voluntad divina, y muestra el camino para la acción futura. Las pinturas de Rafael son concebidas, y en gran parte realizadas en una época de no gran euforia ni de triunfo político, sino después de las derrotas militares de principios de 1511 en la Italia septentrional y de su consecuencia, la nueva pérdida de Bolonia, segunda sede del Estado de la Iglesia. Desde entonces Julio llevó una barba, que no quería afeitarse hasta haber expulsado al rey de Francia Luis XII de Italia. Este signo de luto, con el cual el papa volvió a Roma el 27 de Julio de 1511, está presente en sus retratos en los frescos de la Estancia de Heliodoro.
El objetivo principal, casi representativo de la política del Papa Della Rovere era la defensa de la autonomía y de la libertad de la Iglesia. Esta última podía ejercer su autoridad espiritual (contra herejes y cismáticos, contra simoníacos y corruptos) sólo se podía disponer de una reconocida y fuerte potestad mundana. Este era la idea firme de Julio II y para este proyecto político se comprometió en interminables guerras contra los príncipes italianos y contra el rey de Francia.
Las escenas de triunfo en la clave imitan, invertidas lateralmente, el relieve de paso del arco de Tito; la alusión al candelabro de siete brazos es tan clara como la del emperador con la victoria en el carro del triunfo. Al principio de su pontificado Julio II se había presentado de buen grado como sucesor del emperador romano Tito, tal y como se deduce de la inscripción bajo el gran cuenco de granito procedente de las termas de Tito, que Julio había hecho colocar en el palacio inferior de Belvedere en 1504. En cambio, a su regreso de Bolonia (1504) eligió como modelo la dinastía julia-claudia y de forma totalmente programática se presentó como su heredero y nuevo césar.
La intervención de Julio II, papa guerrero, en la elección de los temas a representar parece que fue personal y no a través de teólogos, como era habitual. La expulsión de Heliodoro del templo parece ser la primera obra realizada. En este personaje sacrílego se simboliza a los enemigos de la Iglesia que se habían infiltrado incluso en los rangos más altos. Julio II quiso aludir a su propia política, cuyo objeto era expulsar a los usurpadores de las tierras de la Iglesia. El mensaje, de todos modos, es evidente. A Heliodoro expulsado se contrapone el grupo papal, con Julio II en la silla gestatoria que llega a posesionarse de la escena.
En los dos años (1512-1514) en los que Rafael trabajó en la Estancia de Heliodoro, ayudado por su taller, representó todas estas cosas, encontrando el fervor y la apasionada participación de Julio II.
