El Encuentro de San León Magno con Atila es el último de los frescos realizados en la Estancia de Heliodoro. El episodio representado es muy antiguo y mezcla la historia con la leyenda. En el año 452 Atila asalta Italia y después de haber saqueado Aquilea, se dirige a Roma. El papa León Magno (440-461) lo encuentra en el río Mincio, muy cerca de Mantua, persuadiéndolo a regresar, salvando de esta manera la Ciudad del desastre. La historia tradicional dice que Atila y sus guerreros decidieron regresar no sólo por las palabras del papa, sino porque vieron aparecer en el cielo las figuras armadas de los santos apóstoles Pedro y Pablo listos para defender Roma.
Como decimos, este encuentro se lleva a cabo en las cercanías de Mantua, pero Rafael lo representa a las puertas de Roma. A la muchedumbre agitada de los bárbaros, Rafael opone la serenidad del Pontífice —montado en una mula blanca— y de su séquito. En un primer momento, Rafael pensó dar a san León I los rasgos de Julio II, pero su muerte el 21 de febrero de 1513 motiva cambios sustanciales respecto al proyecto originario, pues se ve obligado a sustituir el rostro por el del nuevo papa, León X (Giovanni de Medici). En la comitiva de cardenales que aparecen a su espalda, Rafael ya había pintado al cardenal Giovanni de Medici; fue así que el hijo de Lorenzo el Magnífico tuvo la suerte de aparecer en el fresco dos veces: como cardenal en el cortejo de León Magno, cuando Julio II aún estaba vivo y listo a dar su rostro al pontífice defensor Urbis, y ahora como jefe supremo de la Iglesia de Roma. El nuevo Pontífice convertiría el fresco en una exaltación de su pontificado.
Así pues, el tema de fondo de los frescos de esta Estancia, la expulsión de los bárbaros de Italia, se trata en este fresco de forma más directa que en los demás. Aunque el actual fresco fue realizado bajo el pontificado del sucesor de Julio II, León X, esta iconografía ya había sido elegida por el primero. Esto se deduce de las dos copias de un “modelo” desaparecido de Rafael (Oxford, Ashmolean Museum, inv. P II 645; Londres, British Museum, inv. 1946-7-13- 594), que preveía de nuevo un papa barbudo sentado en la silla gestatoria, o sea, probablemente otro retrato de Julio II en el papel de León Magno. Los rasgos fundamentales de esta composición originaria siguen determinando los del fresco definitivo: a la izquierda, el papa con su séquito, protegido desde arriba por los príncipes apostólicos Pedro y Pablo a la derecha, Atila, el rey de los hunos, rodeado de sus hordas salvajes con las admiradas corazas de escamas (Vasari) y los brillantes cascos.
Rafael sólo ejecuta la parte de la izquierda, el resto fue encomendado a sus ayudantes, entre los que destacaba Francesco Penni. Inicia, así, una nueva orientación en sus trabajos en el Vaticano, en los que se limitará fundamentalmente a la concepción y planificación de las obras, dejando al taller la realización concreta de las mismas según sus propios dibujos. Parece que Rafael, en total identificación con el método operativo proyectado por Alberti en su De Re aedifatoria, prefirió dedicarse al proceso de creación, dejando la ejecución material a sus ayudantes. El Encuentro de San León Magno con Atila nunca ha sido considerado por la crítica una de las obras maestras supremas de Rafael debido a esta fuerte participación del taller. Sin embargo, hay que decir que Giovan Francesco Penni, el principal ayudante del maestro en esta obra, es extraordinario. Él, usando libremente los dibujos y las ideas del maestro, supo manifestar muy bien, la escena con los Hunos detenidos por León Magno, la crueldad, el desorden, la Ingenuidad de los bárbaros. Sus caballos son ágiles y feroces como leopardos, el objetivo de los Hunos es la violencia sólo por diversión (de hecho, al fondo arde el Monte Mario), la misma muchedumbre de frente al papa tiene algo emocionante, absurdo y psicológicamente inseguro.
En el deseo de poner más en evidencia el ataque del ejército de los hunos, Rafael debió abandonar el esquema centralizado, aumentando la zona correspondiente a los invasores, lo que refuerza la contundencia de la amenaza. La repentina aparición de los santos protectores de Roma, en la parte alta de la izquierda, que embisten con sus espadas, compensa la serena actitud de la solemne comitiva papal, muy en consonancia con la política pacificadora del nuevo Pontífice. La composición aparece, así, equilibrada de forma sutil, a pesar de su manifiesta desproporción. El paisaje claro de la izquierda, con la magnífica vista de Roma, contrasta, a su vez, con la oscuridad y confusión de la derecha, donde el ejército de Atila ha dejado su huella de destrucción y desolación.