Sobre la bóveda que cubre la Estancia de la Signatura, tenemos que decir, que conserva toda lo que es la decoración, realizada por Sodoma y sus ayudantes. Rafael, lo único que hizo fue sustituir los temas paganos que había en los medallones, para representar las alegorías relacionadas con los frescos de las paredes, es decir, la Filosofía, la Teología, la Justicia y la Poesía, así como los recuadros con Adán y Eva, el Primer Movimiento, el Juicio de Salomón, y el recuadro de Apolo y Marsias.
Su decoración, por tanto, anuncia la general de la sala; es un sistema de paneles y medallones cuya articulación responde a la distribución de los grandes frescos parietales. Se ordenó un universo espiritual, obrando la perspectiva como un principio de jerarquía inteligible. Lo más importante es el juego de relaciones entre entre la bóveda y los frescos de las paredes; el valor de éstos, no se halla en la invención de detalles sino en la distribución de los grupos (Chastel).
De acuerdo con el esquema, vemos en torno al octógono central cuatro medallones, que se corresponden con los lunetos, y están dedicados a las personificaciones de la Teología, la Justicia, la Filosofía y la Poesía; mientras que en los ángulos, en cuatro secciones rectangulares, aparecen las figuraciones de Adán y Eva cometiendo el pecado original, el Juicio de Salomón, la Creación o el Primer movimiento, y el Apolo y Marsias; entre el octógono y los rectángulos se insertan secciones menores, cada una con dos escenas: una de carácter histórico, derivada de Tito Livio, y otra de tema mitológico, sacada de Higinio; la primera ilustra la fuerza de la virtud, la segunda la del amor, lo que recuerda la asociación del orden cósmico y el moral, que el neoplatonismo resumía en la oposición Marte-Venus.
Como hemos dicho la distribución general de la bóveda guarda relación con las representaciones adyacentes de los muros: la Teología, que tiene a la derecha a Adán y Eva, se halla sobre la Disputa del Sacramento; la Justicia se encuentra junto al Juicio de Salomón y está sobre las virtudes; la Filosofía está seguida por el Primer movimiento, encima de la Escuela de Atenas; la Poesía se encuentra junto a Apolo y Marsias, encima del Parnaso.
Pero aún hay más, encima de los arcos de cada gran composición, en la clave, hay un amorcillo alado que lleva un emblema, es como el genio de cada uno de los elementos: una bola (el agua) encima de la Escuela de Atenas; un vaso (la tierra) sobre las Virtudes; una paloma (el aire) encima del Parnaso; y el fuego sobre el Triunfo del Santísimo Sacramento. Esta serie de elementos lleva a cabo una relación entre los dos niveles de la decoración conformando este sistema:
Justicia tierra Virtudes.
Filosofía agua Escuela de Atenas.
Poesía aire Parnaso.
Teología fuego Triunfo de la Eucaristía .
Los querubines, que se encuentran al lado de las figuras femeninas alegóricas muestran un rótulo acerca del significado de las composiciones:
Junto a la Filosofía elevan el epígrafe: «causarum cognitio». A esto aspira el conocimiento humano: entender y dominar las razones de las cosas.
En La Teología muestran la sentencia «divinarum rerum notitia», el anuncio de las cosas divinas. Es importante la diferencia epigráfica. Los conocimientos humanos son alcanzables por la inteligencia humana y lógicamente comprensibles porque estos son «cognitio» (como está escrito encima del cuadro la Escuela de Atenas). Los Verdaderos supremos de la Religión son en cambio «notitia». Dios los revela. En cierto modo nos los ‘notifica’. Es el hombre que los acepta o los rechaza, siendo la libertad su principal derecho y privilegio.
Encima del Parnaso, ,la figura alegórica de La Poesía está acompañada por la inscripción «Numine afflatur», inspirada por el Espíritu (Divinidad). Así recita un verso de la Eneida de Virgilio.
La Justicia, por su parte anuncia : «Ius suum unicuique tribuit» , la Justicia da a cada uno lo suyo. Es una famosa frase del jurista romano Ulpiano, uno de los más grandes creadores del derecho romano clásico que fue recopilada posteriormente en el Digesto de Justiniano.
LOS CUATRO PANELES