Es evidente que el modelo inicial para la Disputa, con sus columnas, sus arquitrabes, sus bloques y sus ménsulas –utilizados todos como asientos– ofrece al observador una alegoría arquitectónica pintada. Esta simbología ha sobrevivido, claramente, en el fresco definitivo. En el fondo de la pintura hay dos zonas relacionadas explícitamente con la actividad de construcción. A la derecha aparece el famoso basamento de pilastras que siempre se ha interpretado como una referencia a las obras de edificación del nuevo San Pedro en Roma. Pero, a la izquierda, Rafael pintó, a lo lejos, un edificio rodeado de andamios al que unos albañiles suben piedras. Los proyectos iniciales para la Disputa ilustraban pictóricamente las metáforas teológicas más frecuentes en las Epístolas de San Pablo (1 Cor. 3, 10; Cor. 3, 16) y de San Pedro, (1 Pet. 2, 3–7), según las cuales los cristianos son las “piedras vivas” que deben servir para la edificación de la Iglesia “viva”, de la cual Cristo es la “piedra angular viva” (lapis summus angularis oder caput anguli).
San Agustín comentó detalladamente el Salmo 86, porque en él el salmista habla de la Civitas Dei y de sus fundamentos. En las ciudades terrenales, las construcciones se diferencian por los ciudadanos que las habitan, dice. Al contrario –continúa San Agustín textualmente– “la ciudad de Dios (civitas dei) se edifica para sus ciudadanos y, las piedras son los mismos ciudadanos; porque ¡las piedras viven!”. Posteriormente Hugo da San Vittore definió la Iglesia en su tratado Speculum de Mysteriis Ecclesiae de la forma siguiente (Migne ser. lat. vol. 177 pp. 335–337, cp. 1): la iglesia en la que el pueblo se reúne para alabar al Señor, representa a la Iglesia católica, que se construye en el cielo con piedras vivas (ex lapidis vivís). Cristo es el fundamento, la piedra angular sobre la cual reposan los cimientos que son los apóstoles y los profetas. Sobre esta base se edifican las paredes, formadas por judíos y gentiles que, procedentes da las cuatro partes del mundo, vienen a Cristo. Los doctores son las columnas que con sus doctrinas afianzan el templo de Dios, igual que los Evangelistas elevan espiritualmente el trono de Dios (Columnae, doctores sunt, qid templum Dei per doc trinam sicut thronum Dei et evangelistae spiritualiter sublevant).
Esta conocida metáfora, según la cual, los Doctores Ecclesiae son como las “columnas” que, con su “doctrina”, sostienen el templo de Dios en lo alto, y los Evangelistas elevan “espiritualmente” el trono de Dios, merece la pena comprobarla examinando los primeros estudios para la Disputa. En el modelo de Rafael los Doctores Ecclesiae están de pie, como estatuas –columna apoyadas en sus pilastras. Los teólogos, sentados en piedras de construcción caídas, son, como lapides vivi, idénticos en espíritu a sus asientos.
El entablado de la columnata parece formar una unidad con las nubes, sobre las cuales están sentados los Evangelistas. Y debajo de la aureola del Hijo de Dios en el trono, están dibujados Pedro y Pablo, como si fueran elementos arquitectónicos portantes (anteriormente hemos visto a ambos tipos reflejados en las columnas de la ventana de la Escuela de Atenas). Esta alegoría arquitectónica –que se puede interpretar teológicamente– hace suponer que Rafael tuvo a su lado a un consejero experto en cultura bíblica. Desde la época de Bellori (1695) se ha intentado, sin ningún éxito, encontrar en la curia de los tiempos del papa Julio II el nombre de este teólogo desconocido. Esto impidió que se interpretara literalmente la traducción a imágenes que Rafael hizo de esta antiquísima metáfora arquitectónico–teológica.
Así, por ejemplo, en el fresco definitivo aparecen de pie el papa Sixto IV y San Buenaventura delante de los pilastras adosados de un enorme pilono sin juntas, como una piedra angular (lapis angularis), de tal modo que pueden ser fácilmente identificados con los lapides vivi de los que se habla en el Nuevo Testamento. Además, en el centro del mismo fresco, con la representación de la Hostia sobre el altar, está ilustrado otro concepto teológico. La presencia real del cuerpo de Cristo en la figura del pan –según las palabras del prólogo del Evangelio de San Juan– se había convertido, en el año 1215, en dogma. Cuando el sacerdote bendice el pan con las palabras de Jesús –hoc est Corpus meum– el pan se convierte en el cuerpo del Señor. Alrededor de este misterio del Sacramento se entrelazan milagros como el de la Misa de Bolsena; el papa Julio II encargó a Rafael una pintura de este milagro para la sala contigua, la Estancia de la Signatura.
Sin embargo, Rafael tuvo sus dificultades para representar a Cristo en la Disputa: debía pintarlo siguiendo la metáfora de la “valiosa piedra angular de Sión” e, igualmente, plasmarlo como la presencia divina real en la “especie del pan”. En el Sermón de la Montaña, el propio Cristo se había descrito como el pan vivo (panis vivus) debajo del cielo (Ju. 6; 48, 51): “El pan que yo daré, es mi carne, que yo daré para la vida del mundo”.
En el fresco definitivo de la Disputa no hay pintada ninguna acción litúrgica. Ninguno de los cuatro Padres de la Iglesia, ninguno de los sacerdotes que meditan o rezan celebra el Sacramento. Sólo el Padre hace el gesto de la bendición sobre su Hijo unigénito, el cual se halla encima de una nube suspendido sobre el altar. Pablo, en su Epístola a los Hebreos, define a Cristo como víctima (hostia) y como oficiante (sacerdos). Cuando el apóstol Pablo escribe a los Corintios, Efesios y Romanos y llama reiteradamente a sus hermanos cuerpo (corpus) y miembros del cuerpo de Cristo (Corpus Domini), está pensando en la unidad de la Iglesia: “Ahora vosotros sois cuerpo de Cristo, y cada uno por su parte miembros de él.” (1. Cor. 12, 27).
En su De Civitate Dei (XXII, 18), San Agustín, partiendo de la Epístola de San Pablo a los Efesios (4, 10–16), interpretaba la Iglesia (ecclesia) como construcción del Corpus Domini. “El que ha bajado es el mismo que el que ha subido por encima de todos los cielos, para llenar el universo. Y es el mismo que ha dado a unos como apóstoles, a otros como profetas, a otros como evangelistas, a éstos como pastores y doctores, para el perfeccionamiento de los santos, para la obra del ministerio, en vista de la edificación del cuerpo de Cristo”. Todos estos fragmentos de texto explican que la idea originaria de Rafael para su fresco, el edificio de la Iglesia construido en el cielo con piedras vivas y con Cristo como su fundamento, ya en la tierra se transformaba en una alegoría de la construcción del Corpus Domini, o sea, de la Iglesia como Corpus mysticum formado por miembros vivos. Cuando en el quinto Concilio de Letrán (1512), el papa Julio II se dirigió a los allí reunidos, les habló con la misma metáfora: Sumus Corpus Domini.
El Corpus Domini, el pan vivo sobre el altar y el cuerpo divino de Cristo en el cielo, como imagen del hombre perfecto en el cielo, dominan la composición definitiva y desplazan la alegoría arquitectónica al fondo.
Este cambio entre la composición del proyecto y la del fresco no puede explicarse sólo con motivos formales del proceso artístico. La transformación del contenido teológico que hemos descrito significó una ruptura radical en el mensaje iconográfico encargado. Cuando Rafael tuvo que introducir el Corpus Domini en el centro de la pintura, se vio obligado a reordenar sustancialmente el fresco de la Disputa. ¿Se trata tal vez de una intervención del propio Julio II en el programa temático de las pinturas? En la originaria alegoría arquitectónica de los lapides viví los escalones no estaban previstos, incluso se consideraban superfluos, porque el “fundamento” de las columnas de la Iglesia no es más que la metáfora misma de Cristo. Por eso, en el modelo de la Disputa los teólogos están sentados directamente en el suelo y, sin embargo, participan en la Visio Dei.