Parece que Rafael había terminado el modelo para un cartón de la Disputa, cuando se le pidió un cambio radical del proyecto. El modelo dibujado de Windsor es un primer boceto de la idea de la Disputa, y sólo aparece dibujada una mitad de la composición, según la costumbre de realizar los dibujos arquitectónicos bilateralmente simétricos, Es decir, se puede completar la otra mitad, como si se tratara de una imagen reflejada en un espejo. Con este reflejo se obtiene una arquitectura porticada, sin techo, con un patio interior cerrado, al fondo, por una balaustrada. Este patio de columnas descubierto difiere en mucho del aula abovedada de la Escuela de Atenas; sin embargo, las dos arquitecturas pintadas se parecen en su simetría bilateral.
Detengámonos todavía en la primera fase del proyecto de la Disputa. Los grupos de figuras del pórtico con columnas se pueden analizar a partir de un detallado estudio conservado en Chantilly; así mismo, en Oxford se encuentra un proyecto para la composición de todas las figuras del cielo. A partir de estos tres dibujos preparatorios se puede reconstruir un montaje completo del primer modelo de Rafael para la Disputa. Sin embargo, este proyecto es muy distinto de lo que hoy se puede ver en el fresco. No hay ningún altar en medio de la reunión de teólogos, ni tampoco hay todavía escalinata. El grupo de teólogos está sentado, en el suelo, sobre piedras de construcción. El bloque de arquitrabe del personaje sentado en el extremo derecho del estudio de Chantilly podría ser, apurando mucho, un bloque de piedra perfilado; en todo caso, el clérigo del extremo izquierdo, se ha instalado sobre una ménsula caída. Si los cuatro teólogos sentados, representados en esta fase del proyecto, son los mismos que los cuatro Padres de la Iglesia que en el fresco realizado aparecen sentados en cátedras pétreas, entonces este cambio de asientos debió responder a motivos temáticos.
El modelo preveía rodear a Cristo en el cielo con una aureola circular. Sobre el círculo luminoso de Cristo aparece esbozado el busto del Dios Padre. Entre ambas figuras divinas iría, probablemente, la paloma del Espíritu Santo, para completar la Trinidad. Dado que a la izquierda de Cristo se puede reconocer a María, la figura situada a la derecha del Hijo de Dios debe ser, al igual que en el fresco acabado, San Juan Bautista. De este modo, la Deesis habría sido colocada, ya en el modelo, en el centro del cielo.
Bajo la figura de Cristo y en el centro de la composición, estaba planeado representar a los príncipes apostólicos Pedro y Pablo sentados en bancos de nubes. A su vez, los apóstoles debían aparecer, a la altura del entablamento del pórtico, flanqueados a derecha e izquierda por los cuatro evangelistas de dos en dos. Partiendo de este modelo, se puede afirmar, con toda seguridad, que con la inclusión posterior del altar con la custodia y el Corpus Domini, la composición del fresco de Rafael resultó totalmente nueva. El hecho de que, en vez del patio porticado abierto, Rafael pintara, bajo el altar, un estrado con escalones, podría interpretarse como un cambio “formal” del artista. Pero que los príncipes apostólicos Pedro y Pablo –originariamente debajo de Cristo– aparezcan, ahora, en el fresco definitivo, en puntos periféricos del semicírculo formado por apóstoles, evangelistas, mártires, patriarcas y profetas que rodean a Cristo, se debe, claramente, a motivos teológicos. La presencia real de Dios representada por el Corpus Domini exigía un nexo indisoluble en la pintura, entre la visión de Dios –representada en el ámbito celeste por la Trinidad– y el Corpus Domini, o sea la presencia real de Dios en el altar. Por eso Rafael pintó la paloma del Espíritu Santo debajo de la figura de Cristo, el cual, en forma de “vir dolorum”, muestra sus llagas. En el fresco, la paloma está flanqueada por dos Angelotes que, volando, sostienen abiertos los cuatro libros de los Evangelios. En el Evangelio según San Juan, 1, 1 se dice: “In principio erat verbum”. El Corpus Domini sobre el altar añade al versículo 14, visible en la pintura: “… et verbum caro factum est”. A ambos lados del altar están sentados, como profesores en sus cátedras, los cuatro Padres de la Iglesia latinos con sus obras principales. A la izquierda, San Gregorio con sus comentarios al libro de Job “Liber moralium”; detrás de él, San Jerónimo con la traducción de la Biblia –y sus “EPISTOLAE”; enfrente, a la derecha, San Ambrosio, y a su lado, más hacia adelante, San Agustín dictando a un escribano. A los pies de San Agustín se halla su obra “DE Cl(vitate) DEI”.