Más allá de la intención de representar el episodio histórico ya citado, en la escena es evidente la voluntad de proponer un mensaje más actual, es decir, el de la función pacificadora del pontífice respecto a las llamas producidas por la guerra.
La pared con el fresco del Incendio de Borgo es debidamente célebre. Desde Guido Reni hasta Poussin y David, ha sido una obra fundamental para todas las representaciones clásicas. Las dos mujeres en primer plano, una con los brazos alzados al cielo y la otra de espaldas con el ánfora
sobre la cabeza; el joven desnudo que nos mira aterrado mientras trata de bajarse del muro; Eneas que escapa del incendio con el viejo padre Anquises sobre la espalda en una legendaria Troya reinventada y representada al lado de la antigua basílica constantiniana de San Pedro. Estos son verdaderos modelos de la pintura moderna, copiados por numerosos escultores, nombrados e Interpretados por generaciones de artistas. Sin embargo, el hecho histórico al que hace alusión es modesto y poco menos que importante. El milagro ocurrido muchos siglos antes y realizado por un papa llamado León, podía repetirse en 1514 con el nuevo León convocado en la cátedra de Pedro para apagar las llamas de la guerra. Este es el mensaje augural, y además político, implicado en la elección del tema iconográfico.
En esta escena el único supuesto retrato es el del viejo sobre los hombros del joven, en primer plano a la izquierda, cuyas facciones recuerdan las de Cosimo de Médicis el Viejo.
Si bien se reconocen muchos monumentos de Roma, Rafael situó idealmente la escena en la ciudad de Troya y uno de los grupos más bellos representa a Eneas que huye con su padre Anquises sobre los hombros y con el pequeño Ascanio, según el célebre pasaje de Virgilio.